Desde 1943, a disciplina de Zoologia passou a ser ministrada no Curso de História Natural e posteriormente no Curso de Ciências Biológicas e no de Licenciatura em Ciências, da Universidade Federal do Paraná. A Cátedra de Zoologia contou por vários anos apenas com o seu catedrático, Prof. Pe. Jesus Santiago Moure.

      Desde 1965, desenvolvendo o Programa de Pós-Graduação, a CAPES incentivava a criação de Programas de Mestrado e Doutorado na Universidade Brasileira. No ano de 1974, o Prof. Pe. Jesus S. Moure, foi consultado para possível implantação do Mestrado em Zoologia no Departamento de Zoologia da Universidade Federal do Paraná.. Neste mesmo ano o Magnífico Reitor da Universidade Federal do Paraná designou os Professores Jayme de Loyola e Silva, como Coordenador, e Isabel Takeko Nakamura, Vice, para organizarem processo de implantação do Programa de Mestrado. A aula Inaugural foi proferida pelo Prof. Dr. Theodócio Jorge Atherino, Magnífico Reitor da Universidade Federal do Paraná, no dia 11 de março de 1975. Em setembro de 1975, o Programa foi credenciado pelo Conselho Federal de Educação.

      De início o Programa estruturou-se com um elenco de 16 professores, apenas seis com o título de Doutor. Em 1979 o Departamento de Zoologia instalou-se em seu endereço atual, cujo prédio, num sistema bem elaborado de interligações Departamentais, facilitou, a partir de 1980, o entrosamento e credenciamento de 20 Doutores e 6 Mestres do próprio Setor de Ciências Biológicas. Com os 12 Professores Visitantes totalizou um elenco de 38 Professores e a criação de novas linhas de pesquisa.

     Com o advento do Centro de Estudos do Mar da Universidade Federal do Paraná, instalado em Pontal do Sul, município de Paranaguá, inaugurado em março de 1982, o Programa ganhou mais um grande embasamento científico. Na data da implantação, além do prédio, com magníficos laboratórios, possuía excelente equipe de Oceanógrafos, abrindo um leque, dentro da Biologia Marinha, com novos pesquisadores e novas linhas de pesquisas.

      Hoje o Programa conta com cerca de 27 professores orientadores, a maioria da Universidade Federal do Paraná, que orientam trabalhos nas mais diversas áreas da zoologia. Na última avaliação realizada pela CAPES, o curso manteve a nota 5.